Nació en Asunción el 27 de agosto de 1904, hijo de Ma. Magdalenta Flores, una lavandera de un barrio marginal llamado Chacarita. Es probable que su afición por la música haya heredado de su padre, el guitarrista Juan Volta.
El propio maestro Flores refiere que su historia musical empezó «por robar un pedazo de pan» de un negocio de las cercanías de la parroquia de San Roque, donde, con otros niños, gustaba de corretear y jugar. Aquel mendrugo determinó que el niño fuera a parar a una comisaría y de allí, como «castigo», en el caracter de aprendiz en la Banda de Música de la Policía. Tenía 11 años.
Su primera composición, una alegre polca dedicada a su padrino, «Manuel Gondra», data de 1922. (w) En 1925, después de experimentar diferentes arreglos con el viejo tema musical paraguayo Maerãpa reikuaase, empezó a trabajar en el nuevo género musical que llamó Guarania. El compositor sintió una necesidad, interpretando exactamente el sentir paraguayo.Su primer tema fue Jejui. El propósito que lo acompañó en este nuevo género fue identificar el sentir del heroico pueblo paraguayo con la música. Más tarde Flores comentaría acerca de su creación: La Guarania es de mi pueblo, escrita para y por mi pueblo.
Flores fue galardonado con la Orden Nacional al Mérito en 1949. fue tratado como «traidor a la Patria» por el gobierno y cuando Alfredo Stroessner era presidente de Paraguay en 1954 (hasta 1989), a Flores se le negó el retorno al Paraguay. Así vivió exiliado, impidiéndosele aún ya enfermo (víctima del mal de Chagas), el deseo de ver su país y su gente antes de morir. Lo único que se permitió fue seguir pasando por radio las Guaranias. Flores falleció en 1972, en Buenos Aires.
Uno de los más grandes compositores del Paraguay del siglo XXI. A continuación Nde Rendape Ajú.
